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1991年，以录像电影《暴风！迷你巡逻队》开始导演生涯。1995年，三池崇史制作了首部影院原创作品《新宿黑社会》。1996年，拍摄动作犯罪片《战国极道志》，该片讲述了一个少年为父报仇血刃仇人的故事，被《时代周刊》评选为当年的十大佳片之一，同时获得波尔图国际电影节的评委会特别奖。
1998年，拍摄动作片《中国的鸟人》，该片改编自椎名诚的同名冒险小说的一个章节，讲述了日本的小职员“和田”和黑社会分子“氏家”来到中国云南寻访传说的故事。同年，执导青春片《岸和田少年阿飞队·望乡》，该片是温哥华国际电影节参赛作品。此外，三池崇史还与吴宇森一起被美国《时代》杂志评为最受期待的10位非英语导演之一。
1999年5月，拍摄“黑社会三部曲”的最后一部——黑帮片《日本黑社会》，三池崇史借主人公的堕落轨迹展现了东京街头阴暗而迷醉的一面，该片以寻找犯罪的根源为开端，以一个警察与黑帮人物的较量为导火索。10月，执导爱情片《切肤之爱》，该片改编自村上龙的小说，获得鹿特丹国际电影节的国际影评人联盟奖和荷兰影评人协会奖。同年，执导动作片《生存还是毁灭·犯罪者》，获得第12届东京国际电影节亚洲之风-亚洲电影奖-特别关注奖。
2001年12月，拍摄动作悬疑片《杀手阿一">杀手阿一》。同年，拍摄恐怖片《搞鬼小筑》，获得瑞哈尔梅国际奇幻电影节评委会特别奖。2002年，三池崇史翻拍深作欣二的动作犯罪片《仁义的墓场》，该片以藤田五郎的小说为基础，但思想上则赋予了完全不同的意义。2003年5月，执导动作恐怖片《极道恐怖大剧场：牛头》，由加藤雅也主演，该片作为录像电影首次在戛纳国际电影节展出，同时获得西赫斯加泰罗尼亚国际奇幻电影节评委会特别奖。6月，执导动作片《鬼哭》。
2004年，三池崇史与武知镇典合作恐怖片《许愿者》。8月，与武知镇典联手拍摄动作片《以藏》。2006年11月，三池崇史作为唯一一个日本人，与13位恐怖电影师制作拍摄恐怖片《鬼伎回忆录》，该片由于触犯了比较缓和的有线电视的播放尺度，在北美被禁止放映。2007年，执导改编自高桥弘漫画作品的动作片《热血高校》。2008年，执导面向青少年儿童的科幻连续剧《手机探员7》。
2009年3月，执导改编自同名动画的动作喜剧片《小双侠》，该片讲述了维护正义的小双侠和坏人海盗三人组之间的故事。4月，执导改编《热血高校》续作《热血高校2》。2010年，三池崇史执导战争历史片《十三刺客》，该片入围了鹿特丹电影节，三池崇史获得第5届亚洲大奖导演奖提名。2011年，执导动作历史片《一命》，该片改编自泷口康彦的小说《异闻浪人记》，讲述了一名贫穷的武士如何走上切腹之路的故事，是历史上首部进入三大电影节主竞赛单元的3D真人电影。
2012年2月，拍摄根据游戏改编的悬疑片《逆转裁判》。6月，执导根据梶原一骑和永安巧联合创作的同名漫画改编的爱情犯罪片《爱与诚》，该片入围第65届法国戛纳国际电影节。10月，翻拍同名小说改编的犯罪惊悚片《恶之教典》。
2014年，拍摄改编自漫画家高桥生同名漫画的真人警匪片《鼹鼠之歌》。拍摄取材自江户时代民间传说创作的歌舞伎名剧《东海道四谷怪谈》的恐怖片《喰女》，该片讲述被丈夫抛弃并杀害的苦命女子阿岩化作怨灵复仇的故事。同年，执导根据金城宗幸原作、藤村绯二绘制的同名漫画改编的惊悚片《诚如神之所说》，获得第九届罗马国际电影节特别贡献奖。
2015年，执导个人首部英语片《局外人》，由汤姆·哈迪主演。同年，执导黑帮片《极道大战争》。此外，还执导改编于同名漫画的科幻片《火星异种》。2016年，拍摄《鼹鼠之歌》续篇《鼹鼠之歌2：香港狂骚曲》。执导真人漫改电影《无限之住人》和《JOJO的奇妙冒险：不灭钻石第一章》。拍摄武侠传奇剧《刺唐》。2017年，拍摄面向女童的特摄系列剧《偶像战士小奇迹》。
2018年，执导作家东野圭吾原作《拉普拉斯的魔女》改编的电影。执导首部华语电影《不良人的游戏》，秋冬开机。2019年4月，执导的电影《FirstLove》入围第72届戛纳国际电影节导演双周单元。
父亲是三重县尾出身的板金工，师从今村昌平、恩地日出夫。
三池崇史以黑帮暴力片著称，他的暴力语言借助于镜头直观宣泄，暴力影像以赤裸裸的伤口舐触你的神经，近乎迷恋般的描述鲜血狂飙时的快感，并带有一种莫名的崇拜。而三池崇史绘声绘色的描绘疼痛的感觉，也有意过度的渲染喷血来淡弱写实的成分，在cult血腥中显示出黑色幽默。他这种风格后来又延续到《杀手阿一">杀手阿一》中。在影片中，三池崇史不仅以黑色的线条勾勒出血腥的轮廓，还为影片添加了暖昧的粉色调。他从来不回避尴尬的话题，并同样施展黑色的笔触。
铺天盖地的日式cult片和粉红新浪潮，无疑成了三池崇史挑战传统大银幕的最佳武器。他天马行空的想象力，在各类异色影像的诱导下愈发显现出优势。由最初他在黑帮片中出现叛道离经的另类创举，一直到他后来放弃帮派片转战纯粹的cult片。而他的镜头语言，却一直在大众观众的承受力之内。或者说他的贡献在于，他把冢本晋也尖锐的cult理念和濑濑敬久等人的粉红影像化繁为简，以更形象更通俗的镜头带给普通观众。三池崇史对血液和杀戮的兴趣，曾以几种完全不同的风格形式展现。他既延承了冢本晋也那种把肉体视为金属电路管材质的美学理念，也融合过北村龙平拉扯内脏器官的无疼感和黑色幽默，同时还借鉴了熊切和嘉对暴力写实派的描述。