1985年,执导个人首部电影《外国的月亮圆些?》,从而开启了她的导演生涯。1987年,进入香港电台电视部工作,担任助理编导。
1988年4月16日,执导的爱情喜剧电影《我爱太空人》在中国大陆上映,该片由甘国亮、恬妞、曾志伟联合主演。1989年,执导由王祖贤、单立文合作主演的剧情电影《潘金莲之前世今生》。
1990年12月6日,执导的剧情电影《爱在他乡的季节》在中国大陆上映,该片入围第10届香港电影金像奖最佳影片奖、第27届台湾电影金马奖最佳影片奖,她凭借该片入围第10届香港电影金像奖最佳导演奖、第27届台湾电影金马奖最佳导演奖。
1991年,执导由黎明、李克勤共同主演的励志电影《YES一族》。1992年,执导由永濑正敏、李佩蕙、蔡少云联合主演的喜剧电影《秋月》,该片入围第30届台湾电影金马奖最佳影片奖,她凭借该片入围第30届台湾电影金马奖最佳导演奖。
1993年,执导由吴兴国、陈冲合作主演的古装爱情电影《诱僧》,该片根据李碧华的同名小说改编,入围第50届威尼斯国际电影节主竞赛单元、第13届香港电影金像奖最佳影片奖,她凭借该片入围第13届香港电影金像奖最佳导演奖。1994年6月9日,执导的战争电影《西楚霸王》在中国香港上映。
1996年,执导的剧情电影《浮生》上映,该片入围第33届台湾电影金马奖最佳影片奖,她凭借该片入围第33届台湾电影金马奖最佳导演奖。2000年,执导爱情电影《遇上1967的女神》,该片入围第57届威尼斯国际电影节主竞赛单元,她凭借该片获得芝加哥电影节最佳导演奖。2004年,执导纪录片《给阿里的信》,并担任该片的制片人。
2009年,自编自导由吴彦祖、袁泉共同主演的剧情电影《如梦》,该片入围第46届台湾电影金马奖最佳原著剧本奖,她凭借该片入围第46届台湾电影金马奖最佳导演奖。2010年,与邱礼涛、麦曦茵、陈果联合执导剧情短片《香港四重奏》;同年,执导由吴彦祖主演的剧情电影《赤地》,该片讲述了一个关于环保、关于末世的故事,成为唯一一部入围第67届威尼斯电影节地平线单元的华语电影。
2015年1月16日,自编自导的喜剧电影《暴走神探》在中国大陆上映,该片由阮经天、周冬雨、杨子姗联合主演,主要讲述了民国时期的上海法租界警探范如一与富家女宋小乔、盲女慧兰等之间发生的一系列故事。
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文化精神的建构一直是罗卓瑶电影创作的主旨所在。无论是从对香港浮城与浮人精神实质的揭示,还是跟随全球化的浪潮放眼本土与世界间人类文化精神的变换,及至跨越时空拷问人类生存的本质,她的电影都折射出对社会人生深刻的观察与思考。她不是一个亦步亦趋于世界电影潮流之中的电影人,她运用影像来观照现实,并进行着超越现实的深刻反思,彰显了一位华裔电影人非一般的胸襟与境界,体现出了她对于电影执著而独到的守望。她关注城市与本土、关注移民与异域目的不仅仅只限于文化的探讨,更深的目的在于表达对文化中人的生存的关注。